På Agersø Naturcenter er der 1 handicaptoilet, 3 toiletter samt 1 badeværelse med toilet og bad.

Ved leje af naturcentret er der brugsret til toilet- og badeforhold i den nærliggende Agersøhal, hvor badefaciliteter består af 2 omklædningsrum til henholdsvis damer og herrer.

I hvert omklædningsrum er der adgang til toilet og baderum med 3 brusere. Medbring selv hårtørrer.